Fundada en 1921, ha participado en diversos torneos internacionales, destacando la Copa Mundial de Fútbol de 1982 realizada en España y la Copa Mundial de Fútbol de 2010 realizada en Sudáfrica, también en los torneos olímpicos de fútbol de Sidney 2000 y Pekín 2008. Entre los logros obtenidos dentro de la Confederación se encuentran: 3 títulos de la Copa de Naciones Uncaf, un Campeonato de la CONCACAF (1981), un subcampeonato de la Copa de Oro de la CONCACAF (1991) y 2 títulos preolímpicos de la CONCACAF (2000 y 2008).

En el Mundial 2010 la selección hondureña consiguió ser el primer equipo mundialista de la historia con tres hermanos en el equipo, con Jerry, Johnny y Wilson Palacios.Su uniforme es proveido por la marca española Joma.